孙东昌

教授，博士生导师，美国微生物学会“Young Investigator”，法国图卢兹第三大学微生物学博士，加拿大英属哥伦比亚大学访问学者，中国微生物学会会员，中国遗传学会会员，中国化工学会会员，浙江省高校中青年学科带头人，浙江省微生物学会青委会副主任委员，浙江省微生物学会理事，研究方向为CRISPR基因编辑与微生物合成技术，开展I型CRISPR调控基础与应用研究，开发产活性代谢产物的高版本微生物底盘细胞，先后主持国家自然科学基金3项、省级项目3项和重大横向项目，任法国国家科研署（ANR）项目评审专家、波兰/中国自然科学基金评审专家、苏黎世联邦理工学院学科带头人专项通讯评审专家、教育部研究生学位论文评审专家，获浙江省科技进步二等奖（第四完成人），通讯作者在Nucleic Acids Res (3篇)、Trends Microbiol、Trends Plant Sci、Biotechnol Adv、ACS Synth Biol、Appl Env Microbiol等主流期刊上发表科研论文30余篇，第一发明人申报国家发明专利11项，授权4项。任Front Microbiol期刊编委，Nucleic Acids Res、Nat Commun、Adv Sci、Adv Mater、Commun Biol、Chem Eng J、Crit Rev Microbiol、Syn Syst Biotechnol‌、Biotech&Bioeng、mSphere、Virulence、Microbiol Res等SCI期刊论文评审专家，入选浙江工业大学青年英才支持计划，获浙江工业大学优秀教师、优秀班主任、优秀本科生导师等荣誉称号，指导研究生获中国微生物学会2020年度和2023年度学术年会优秀学术报告奖，指导本科生参加iGEM大赛获金奖（2018, 2024），指导研究生获省级优秀实践成果奖，指导研究生/本科生获校级优秀学位论文。

一、主讲课程

1. 研究生课程《生物技术前沿》、《高级微生物学》

2. 本科生课程《微生物学实验》、《合成生物学技术前沿与应用》、《舌尖上的微生物》、《基因工程机器设计与合成生物技术》

二、主持教改项目

1.AI驱动下培养创新型研究生的教学模式改革（2025216）

2.微生物学技术双语课程教学体系的探索与实践（2017205）（已结题）

3.面向留学生的《微生物学实验》全英文课程教改与实践（JG201733）（已结题）

三、教改论文和教材

1. 孙东昌. 通过现代微生物学技术课程教学培养研究生创新能力的实践[J]. 生物工程学报, 2021, 37(4):7.

2.钟卫鸿，汪琨，裘娟萍，余志良，吕镇梅，杨胜利，赵春田，孙东昌，黄海婵. 微生物学数字课程. 高等教育出版社. 2020.

1. 指导本科生参加国际基因工程大赛获金奖（2024, 2018）

2. 指导本科生参加全国生命科学创新创业大赛获三等奖（2018，2023）

3. 指导本科生立项浙江省新苗计划（2021,2024）

4. 指导研究生获浙江省优秀实践成果奖（2025）

5. 指导学生获校级优秀硕士毕业论文和本科毕业论文（2018，2020，2025）

6. 指导研究生获“中国微生物学会学术年会”优秀学术交流奖（2020,2023）

7. 指导研究生多次获浙江省微生物学会学术交流奖

8. 作为班主任管理的班级获“校级先进班级”称号（2018）

9. 获浙江工业大学“优秀青年教师”、“优秀班主任”、“优秀本科生导师”、“年度优秀教师”等称号

10.指导的研究生/本科生赴国内外一流高校深造

部分同学去向：

沈敏佳：法国巴黎萨克雷大学（攻读博士）

俞明静：法国巴黎综合理工大学（攻读博士）

陈梦圆：日本东京大学(攻读博士)

费明月：浙江工业大学（本实验室转博）

徐孟涛：浙江工业大学（本实验室转博）

周琪：浙江工业大学（本实验室转博）

姚夏：美国西北大学(攻读硕士)

陈一扬：浙江大学（攻读博士）

梁竟一：浙江大学（攻读硕士）

施铭：浙江大学（攻读硕士）

蔡文凤：山东大学（攻读硕士）

刘超：厦门大学（攻读硕士）

付贝贝：上海科技大学（攻读硕士）

刘芝芝：上海科技大学（攻读硕士）

尹小屿：苏州大学（攻读硕士）

茅呈耀：浙江工业大学（攻读硕士）

陈张瑱：华东理工大学（攻读硕士）

主持科研项目

8. 浙江省领雁项目课题，2026-2028

7. 浙江省自然科学基金企业创新发展联合基金，2026-2027，10万元

6. 国家自然科学基金面上项目，2022-2025，58万元 

5. 浙江省重点研发计划课题，2020-2022，50万元/285万元

4. 国家自然科学基金面上项目，2017-2020，62 万元

3. 浙江省自然科学基金委，2016-2018，10万元

2. 国家自然科学基金青年项目，2012-2014，22 万元

1. 浙江省自然科学基金委，2011-2013，10万元

一、近五年代表性论文（*通讯作者）

1. Huang S,  Sun D*  2026. Structure-based prokaryotic transcription shapes adaptation and host-invader interplay. Trends Microbiol. Accepted.

2. Fang M#, Yap J#, Fei M#, Gong M, Li N, Lu Y, Yu M, Xu Y, Wu F, Gao H*, Sun D*. 2026. LysR-type regulator LrhA promotes CRISPR-Cas immunity in Escherichia coli. Nucleic Acids Res. 54:gkag204. doi: 10.1093/nar/gkag204. (指导的博士研究生一作)

3. Fei M^#, Fang M^#, Zhou Q, Chen Z, Gong M, Wu F, Tian C, Sun D*. 2025. Abundant bacterial nucleoid-associated protein H-NS limits plasmid transfer through mechanical modification of DNA. Nucleic Acids Res. 53:gkaf928. doi: 10.1093/nar/gkaf928. (指导的博士研究生一作)

4. Zheng H, Mao C, Chen S, Hou S, Sun D*. 2025.  A quorum sensing-controlled type I CRISPRi toolkit for dynamically regulating metabolic flux. Nucleic Acids Res. 53:gkaf693. doi：10.1093/nar/gkaf693. (指导的硕士研究生一作)

5. Noman M, Ahmed T, Gardea-Torresdey JL, Song F, Sun D*, Wang J*. 2025. Stomata-centered nanoguardians: revolutionizing plant pathogen defense. Trends Plant Sci. 11:S1360-1385(25)00264-X. doi: 10.1016/j.tplants.2025.09.002. (指导的博士后一作)

6. Jiao L, Zhou Q, Sun D*. 2025. CRISPR-based regulation for high-throughput screening. ACS Synth Biol. 14(6):1890-1904. doi:  10.1021/acssynbio.5c00076. (指导的硕士研究生一作)

7. Zhang R, Zhou Q, Huang S, Zhang N, Sun D*. 2025. Advancements in CRISPR-Cas-based strategies for combating antimicrobial resistance. Microbiol Res. 13(8):2480-2491. doi: 10.1016/j.micres.2025.128232.  (指导的硕士研究生一作)

8. Zhou Q, Li N, Jiao L, Sun D*. 2025. cAMP-CRP promotes ColE1 plasmid replication by reducing RNAI stability through transcriptional repression of hfq. Biochem Biophys Res Commun. 784:152668. doi: 10.1016/j.bbrc.2025.152668  (指导的硕士研究生一作)

9. Liu S, Sun D*. 2025. Recent advances in metabolic engineering of Escherichia coli for riboflavin biosynthesis. World J Microbiol Biotechnol. 41(10):329. doi: 10.1007/s11274-025-04563-9. 

10. Fang M, Zhang R, Wang C, Liu Z, Fei M, Tang B, Yang H, Sun D*. 2024. Engineering probiotic Escherichia coli Nissle 1917 to block transfer of multiple antibiotic resistance genes by exploiting a type I CRISPR-Cas system. Appl Env Microbiol. 10:e0081124. doi: https://doi.org/10.1101/2024.04.01.587504.（指导的博士研究生一作）

11. Mao C, Zheng H, Zheng H, Chen Y, Yuan P, Sun D*. 2024. Development of a type I-E CRISPR-based programmable repression system for fine-tuning metabolic flux towards D-pantothenic acid in Bacillus subtilis. ACS Synth Biol. 13(8):2480-2491. DOI: 10.1021/acssynbio.4c00256.  (指导的硕士研究生一作)

12. Yuan P*, Xu M, Mao C, Zheng H, Sun D*. 2023. Dynamically regulating glucose uptake to reduce overflow metabolism with a quorum-sensing circuit for the efficient synthesis of d-pantothenic acid in Bacillus subtilis. ACS Synth Biol. 12(10):2983-2995. DOI 10.1021/acssynbio.3c00315. (指导的博士后一作)

13. Yu M, Hu S, Tang B, Yang H, Sun D*. 2023. Engineering Escherichia coli Nissle 1917 as a microbial chassis for therapeutic and industrial applications. Biotechnol Adv. 67:108202. DOI: 10.1016/j.biotechadv.2023.108202.  (指导的硕士研究生一作)

14. Sun D*, Sun X*, Hu Y*, Yamaichi Y*. 2023. Editorial: Horizontal gene transfer mediated bacterial antibiotic resistance, volume II. Front Microbiol. 14:1221606. doi: 10.3389/fmicb.2023.1221606 

15. Hu S, Fei M, Fu B, Yu M, Yuan P, Tang B, Yang H. Sun D*. 2023. Development of probiotic E. coli Nissle 1917 for β‑alanine production by using protein and metabolic engineering. Appl Microbiol Biotechnol. 107(7-8): 2277-2288. (指导的硕士研究生一作)

16. Chen Z, Shen M, Mao C, Wang C, Yuan P, Wang T, Sun D*. 2021. A type I restriction-modification system influences genomic evolution driven by horizontal gene transfer in Paenibacillus polymyxa. Front Microbiol. 12: 709571. DOI：10.3389/fmicb.2021.709571. (指导的硕士研究生一作)

17. Sun D*^#, Mao X^#, Fei M, Chen Z, Zhu T, Qiu J. 2020. Histone-like nucleoid-structuring protein (H-NS) paralogue StpA activates the type I-E CRISPR-Cas system against natural transformation in Escherichia coli. Appl Environ Microbiol. 86:e00731-20. DOI：10.1128/AEM.00731-20（指导的硕士研究生共同一作）

18. Fei M，Mao X，Chen Y，Lu Y ，Wang L，Yang J ，Qiu J，Sun D*. 2020. Development of a dual-fluorescence reporter system for high-throughput screening of L-aspartate-a-decarboxylase. Acta Bioch Bioph Sin. 52(12):1420-1426. DOI: 10.1093/abbs/gmaa134 （指导的博士研究生一作）

19. Sun D*, Jeannot K*, Xiao YH*, Knapp CW*. 2019. Editorial: horizontal gene transfer mediated bacterial antibiotic resistance. Front Microbiol. 10:1933. DOI: 10.3389/fmicb.2019.01933. 

20. 卢亚兰, 唐标, 杨华, 孙东昌*. 2022. CRISPR-Cas系统转录调控机制的研究进展. 微生物学报, 62(4):1308-1321. DOI: 10.13343/j.cnki.wsxb.20210504 (指导的硕士研究生一作)

21. 王晨羽, 刘芝芝, 唐标, 杨华, 孙东昌*. 2022. 利用CRISPR-Cas系统防控细菌耐药性的研究进展[J]. 生物工程学报,  38(4):1432~1445. DOI: 10.13345/j.cjb.210348 (指导的硕士研究生一作)

二、申请/授权发明专利

1. 一种穿梭质粒载体及其构建方法和应用，ZL201710873809.9，第一发明人，2020 （授权）

2. 一种双荧光筛选β-丙氨酸合成酶的方法，ZL201910071013.0，第一发明人，2022 （授权）

3.  β丙氨酸合成酶突变体、编码基因、基因工程菌及应用，ZL201710873809.9，第一发明人，2022 （授权）

4. 一种高产β-丙氨酸的工程菌及其应用，ZL2022110297108，第一发明人，2025 （授权）

5. 一种高产D-泛酸的益生工程菌及其在产D-泛酸和制备益生菌添加剂中的应用，2023102905322，第一发明人，2023 （实审）

6. 一种靶向识别切割多耐药基因的EcN工程菌及其构建方法与应用，2023107976339，第一发明人，2023 （实审）

7. 一种基于I型CRISPR-Cas系统的优化型基因表达调控工具及应用，第一发明人，2023083101329010，2023 （实审）

8. 一种I-E型CRISPRi系统及在构建高产D-泛酸工程菌中的应用. 第一发明人，申请号：202410827744.4，2024 （实审）

9.  一种基于 I 型 CRISPRi 筛选系统构建的高产 β-丙氨酸工程菌及方法. 第一发明人，申请号：202510086377.1, 2025（实审）

10. 一种以隐秘质粒为表达载体的高产 β-丙氨酸的工程菌及双碳源发酵方法. 第一发明人，申请号：202510092402.7， 2025（实审）

11.  基于群体感应的I型CRISPRi系统及在构建动态基因调控工程菌中的应用. 第一发明人，申请号：202510707319.6，2025（实审）

三、获奖

孙东昌，浙江省科学技术进步奖二等奖，动物源细菌耐药性评价与控制关键技术创新及应用，2025，第四完成人

1. 法国国家科研署（ANR）项目、波兰国家自然科学基金、苏黎世联邦理工学院学科带头人专项评审专家

2. 国家自然科学基金、教育部研究生学位论文评审专家

3. Nat Biotech、Nucleic Acids Res、Nat Commun、Adv Sci、Adv Mater、Chem Eng J、mSphere、Synth Syst Biotechnol、Biotechnol J、Appl Biochem Biotechnol、Eng Microbiol等期刊论文审稿人

4. Front Microbiol期刊特邀副编辑

5. 浙江省微生物学会青年委员会副主任委员、浙江省微生物学会理事、浙江省科普协会会员